El templo de San Juan empezó a construirse en el siglo XVI, y pasó siglos de avatares y de interrupciones en las obras (por lo general, a causa de la falta de fondos) que hicieron que el edificio, en algún momento, llegara a estar en muy mala situación.

Ya en el siglo XX, se sucedieron los intentos de concluir las obras, con aportaciones económicas más o menos importantes, entre las que puede destacarse la que Leocadia Peral hizo en 1919. Ahí nació el proyecto de los arquitectos Julio Carrilero y Manuel Muñoz, a quienes hay que atribuir lo realizado posteriormente en la parte nueva de este templo. La torre primitiva se derruyó, como se había hecho con otras partes de la iglesia original, en 1923. En marzo de 1936 se incendió el templo, que poco después volvió a ser saqueado. Ya en 1943 se retomó el intento de proseguir las obras. Aquel año, el Gobierno aportó 250.000 pesetas, y el Ayuntamiento 25.000 (el Ayuntamiento republicano había aportado 40.000 pesetas en 1935).

Los trabajos más recientes han sido la apertura de la puerta neorománica que da a la Plaza de la Virgen y la construcción de las escalinatas de acceso a la fachada nueva.

De hecho, aunque con largos periodos de interrupción se trata de un edificio que lleva más de cuatro siglos de obras, y que se levantó, además, sobre otro anterior mudéjar, que ya había ocupado, con la misma advocación que el actual, el albaceteño Cerrillo de San Juan.