La fauna y flora del entorno marmenorense podemos observarla con mayor facilidad en los Espacios Naturales que la ley ha protegido. Estos son:

. Parque Regional Salinas de San Pedro del Pinatar. Municipio de San Pedro del Pinatar. . Parque Regional de Calblanque, Monte de las Cenizas y Peña del Águila. Municipios de Cartagena y La Unión. . Espacio Natural del Cabezo Gordo. Municipio de Torre Pacheco. Y los Paisajes Protegidos de: . Playa de la Hita. Municipios de San Javier y Los Alcázares. . Cabezo y Marinas de El Carmolí. Municipio de Cartagena. . Saladar de Lo Poyo. Municipio de Cartagena. . Salinas de Marchamalo y Playa de las Amoladeras. Municipio de Cartagena. . Cabezos del Sabinar. Municipio de Cartagena. . Cabezo de San Ginés. Municipio de Cartagena. . Islas Perdiguera y Mayor. Municipio de San Javier. . Islas del Sujeto, Ciervo y Redonda. Municipio de Cartagena.

Hemos hecho una repartición altitudinal del paisaje -comenzando al nivel del mar-, que determina el hábitat natural de cada especie de animales y plantas del Mar Menor.

Las referencias fósiles más antiguas datan de hace 1'3 millones de años, cuando elefantes, rinocerontes, panteras, caballos, ciervos y linces -entre otros-, merodeaban por el Mar Menor. En los yacimientos de Cueva Victoria y Cabezo Gordo se han encontrado gran cantidad de huesos de estos animales, así como humanos.
Pero volviendo al período actual, y tras las radicales transformaciones que la naturaleza ha sufrido, podemos aún sorprendernos de la biodiversidad que existe.
Os aconsejo, para el que quiera profundizar más en la observación del medio natural, que recurráis a las siguientes publicaciones:

. Flora Básica de la Región de Murcia. Edita Severo Ochoa. . Plantas del Mediterráneo. Editorial Everest. . Enciclopedia de la Región de Murcia y su Naturaleza. Edita: La Opinión, Caja de Ahorros del Mediterráneo y Montevida

Apuntamos aquí algunas de las especies de la fauna y flora emergida del Mar Menor que hemos separado según nuestra escala altitudinal:
Mar abierto e islas
.Fauna: Zampullín, serreta, gaviota reidora y argéntea, cormorán moñudo, martín pescador..
Playas y arenales
.Fauna: Charrán, charrancito, garza real, garceta, chorlitejo, archibebe, correlimos menudo, vuelvepiedras, tarro blanco, somormujo, pato nadador...
.Flora: Salicornia, siempreviva, limonium, barrón, lirio,...
Salinas y Humedales
.Fauna: Polla de agua, flamenco, cigüeñuela, avoceta, charranes, garzas, tarro blanco,... .Flora: Taray, carrizo, salicornia, bolaga, albardín, junco,...
Zonas de cultivo del hombre
.Fauna: Conejo, tarro blanco, culebra bastarda, culebra de escalera, lagartija colirroja, erizo común, musaraña, topo, ratón de campo, salamandra común, calandria, lavandera boyera, mirlo común, estornino negro, mochuelo común, golondrina, avión, gorrión, tórtola, collalba, abubilla,...
Acantilados y roquedales
.Fauna:Gaviota, paloma bravía, cernícalo,...
.Flora: Uña de gato, margarita marina, castañuela,...
Monte bajo
.Fauna:Liebre, conejo, perdiz roja, codorniz, lagartija ibérica, zorro, culebra bastarda, culebra de escalera, erizo común,...
.Flora: Higuera, algarrobo, carrasca, cornicabra, jara, mosquera, cambrón, cantueso,...
Pinares
.Fauna: Mochuelo común, tórtola,...
.Flora: Pino mediterráneo, pino carrasco, encina, ciprés de Cartagena o sabina mora, palmito,...
Cumbres y crestas
.Fauna: Halcón peregrino, águila perdicera, mariposas,... Flora: Romero, tomillo, cantueso, lavanda, jara, rabo de gato, ruda,...